Sinopsis

Di koloni Mars, Tokyo Keempat, terdapat sebuah kelas tempat para cendekiawan terbaik Kirishina Corporation berkiprah dalam pengembangan kedirgantaraan: A-TEC, yang dipimpin oleh insinyur jenius Kaito Sera, dengan penuh antusias menantikan kedatangan anggota terbaru mereka. Namun, segera menjadi jelas bahwa siswa pindahan tersebut bukanlah siswa biasa—Nagisa Kiryuu, kepala A-TEC yang baru diangkat dan adik laki-laki dari CEO perusahaan, dikirim untuk menghentikan program tersebut. Untuk menjaga agar kelas tetap berjalan, Kaito dan para muridnya mati-matian bekerja untuk mengembangkan penerus roket terkuat mereka, X-2; sementara itu, Nagisa menapaki tangga karier perusahaan untuk mengejar misinya sendiri. Terlepas dari itu, pertempuran mereka yang terpisah segera mengungkapkan bahwa ada lebih banyak hal yang terjadi di Kirishina Corporation daripada yang terlihat. Classroom☆Crisis mengikuti Kaito dan Nagisa, serta adik perempuan Kaito, Mizuki, dan pilot uji A-TEC, Iris Shirasaki, dalam kisah intrik, perang politik, dan, di luar dugaan, romansa. Saat Nagisa dan A-TEC semakin terseret ke dalam konspirasi Kirishina Corporation, persahabatan tumbuh dan masa lalu terungkap saat mereka berjuang untuk mencegah krisis di kelas mereka.