Sinopsis

Dua puluh tahun sebelum cerita dimulai, sebuah asteroid yang menuju Bumi menghancurkan Pluto. Akibat kehancuran Pluto, asteroid yang dijuluki Thanatos ini menjadi stagnan untuk sementara waktu. Sekarang, untuk menghindari kehancuran Bumi yang akan datang, Badan Pengembangan Tata Surya Internasional (ISDA) mengerjakan “D-Project”, dan menciptakan “Dragonaut” setelah menemukan telur naga di bawah lautan. Tujuan utama senjata ini adalah untuk menghancurkan asteroid ketika saatnya tiba. Namun, mereka segera mengetahui bahwa asteroid bukanlah satu-satunya ancaman mereka, karena makhluk seperti naga yang kuat, yang bertekad untuk menghancurkan, muncul di Bumi. Setelah menyaksikan pembunuhan oleh salah satu makhluk tersebut, Jin Kamishina, seorang anak laki-laki berusia 18 tahun yang kesepian dan kehilangan keluarganya dalam kecelakaan pesawat ulang-alik dua tahun yang lalu, terlibat dalam misteri naga dan menjadi pilot Dragonaut yang terpilih. Yang membantunya dalam perjalanannya adalah Toa, seorang gadis misterius yang menyelamatkannya dari kematian setelah makhluk itu menyerangnya. Ketika mereka masuk lebih dalam ke dalam misteri naga, mereka menemukan teman dan musuh baru, dan juga mulai mengembangkan hubungan yang lebih dekat.