Sinopsis

Empat belas tahun setelah Dampak Ketiga, Bumi menjadi gurun pasca-apokaliptik, peradaban manusia hancur, dan orang-orang yang dikenal Shinji Ikari hampir tidak dapat dikenali. Terperangkap di dalam Unit Evangelion-01, ia diselamatkan dari luar angkasa oleh Asuka Langley Shikinami dan Mari Illustrious Makinami, hanya untuk mendapati dirinya menjadi tawanan WILLE, faksi militer yang dipimpin oleh mantan pelindungnya, Misato Katsuragi. Dingin dan pahit, mantan sekutunya memandangnya dengan curiga dan menolak untuk mendukungnya saat ia berdamai dengan konsekuensi tindakannya. Shinji yang terluka dan bingung diselamatkan dari WILLE oleh Rei Ayanami dan dikembalikan ke markas NERV. Di sana, ia bertemu dan dengan cepat berteman dengan Kaworu Nagisa yang misterius, yang menawarkan kehangatan dan wawasan tentang keadaan perang NERV dengan para Malaikat. Namun, masa tenang singkat Shinji dan Kaworu berada di ambang pertempuran baru, di mana Shinji menyadari bahwa musuh-musuhnya bukan lagi Malaikat, melainkan mantan rekan seperjuangan. Dalam konfrontasi sengit untuk menentukan masa depan dunia ini, Shinji akan belajar secara langsung bahwa masa lalu benar-benar tidak dapat diubah.