Sinopsis

Perang Cawan Suci Kelima berlanjut, dan kekacauan yang terjadi mengakibatkan taruhan yang lebih tinggi bagi semua peserta. Shirou Emiya terus berpartisipasi dalam perang, bercita-cita menjadi pahlawan keadilan yang menyelamatkan semua orang. Ia berangkat mencari kebenaran di balik bayangan gelap misterius dan pembunuhan beruntunnya, bertekad untuk mengalahkannya. Sementara itu, Shinji Matou menjalankan rencananya sendiri, mengancam Shirou melalui saudara perempuannya, Sakura Matou. Shirou dan Rin Toosaka melawan Shinji, berharap untuk membebaskan Sakura dari pelecehan kakaknya. Tetapi kebenaran buruk tentang saudara kandung Matou mulai muncul, dan banyak rahasia gelap terungkap. Film Fate/stay night: Heaven's Feel - II. Lost Butterfly terus berfokus pada Master dan Servant yang tersisa saat mereka saling bertarung dengan harapan mendapatkan Cawan Suci. Namun, ketika kegelapan muncul di Kota Fuyuki, bahkan keadaan perang suci mereka pun bisa terancam.