Sinopsis

Dunia telah damai sejak berdirinya sistem Fractale. Didukung oleh terminal Fractale yang ditanamkan di tubuh mereka, orang-orang hidup dalam isolasi, bebas untuk fokus pada minat mereka sendiri. Clain Necran menghabiskan hari-harinya mengumpulkan peninggalan teknologi dari masa sebelum diperkenalkannya Fractale. Satu-satunya teman yang dimilikinya adalah Doppel orang tuanya, atau klon holografik canggih. Clain segera bertemu Phryne—gadis manusia pertama yang pernah ditemuinya—dan ia langsung merasa terpesona olehnya. Namun, Phryne sedang dikejar oleh kelompok anti-Fractale yang dikenal sebagai The Lost Millenium, dan ia meninggalkan artefak aneh di bawah pengawasan Clain sebelum menghilang. Memutuskan bahwa ia perlu menyelamatkan Phryne dan mengembalikan barang-barangnya, Clain berangkat untuk menemukannya. Perjalanannya membawanya jauh ke jantung sistem Fractale, di mana mempelajari kebenaran di baliknya menimbulkan bahaya yang lebih besar baginya daripada yang bisa ia bayangkan.