Sinopsis

Pada tahun Cosmic Era 0071, koloni luar angkasa Heliopolis tetap netral dalam perang besar yang berkecamuk di seluruh galaksi antara Koordinator, manusia yang sifat biologisnya telah diubah sebelum lahir, dan Naturals, orang-orang yang tidak berubah yang tetap berada di planet Bumi. Kebencian mendalam Naturals terhadap Koordinator mendorong makhluk-makhluk canggih itu ke luar angkasa, mencari perlindungan di koloni buatan manusia. Kira Yamato adalah seorang Koordinator dan mahasiswa di Heliopolis, ketika hidupnya menjadi kacau karena ZAFT, organisasi militer yang terdiri dari Koordinator pemberontak, menyerang koloni itu dalam upaya untuk mencuri satu set lima mobile suit militer canggih yang dikenal sebagai Gundam. Sementara ZAFT berhasil membawa kabur empat mobile suit, Kira mengendalikan Gundam terakhir, Strike. Bertahan hidup dalam pertempuran, Kira dan teman-teman kuliahnya bergabung dengan kru Archangel, sebuah kapal yang dijalankan oleh Earth Alliance, dan para prajurit muda mengalami kengerian perang dan kerugian yang menyertainya.