Sinopsis

Dengan menggunakan fosil Pokémon Legendaris Mew, Team Rocket telah menciptakan klon Pokémon pertama yang berhasil. Dinamakan Mewtwo, Pokémon buatan manusia ini dengan cepat merasa kesal dengan keadaan penciptaannya dan mengamuk. Ia segera didekati oleh Sakaki, pemimpin Team Rocket, dan dimanipulasi untuk melakukan tindakan jahat. Muak dengan tipu daya manusia dan kekejaman yang telah dideritanya, Mewtwo mengisolasi diri dari semua orang dan merencanakan kejahatan terhadap manusia sambil mencoba menemukan tujuan hidupnya yang sebenarnya. Menyamar sebagai pelatih Pokémon terkuat di dunia, Mewtwo menarik perhatian para pelatih terkuat di wilayah tersebut yang ingin melawan lawan baru yang misterius ini. Dengan nasib dunia yang dipertaruhkan, para pelatih terkenal Satoshi, Takeshi, dan Kasumi harus bertarung melawan Mewtwo dan mengalahkannya sebelum ia membawa kehancuran umat manusia.