Sinopsis

Pada tahun 1600, di medan perang Sekigahara yang tertutup kabut, pertempuran sengit dilakukan oleh dua pendekar pedang teladan. Salah satunya adalah Kyoushirou Mibu, seorang pejuang terampil dan mulia yang memiliki kekuatan unik Klan Mibu. Yang lainnya adalah pembunuh seribu orang, dengan mata dan rambut berwarna darah, "Mata Iblis" Kyou. Bentrokan legendaris mereka terhenti ketika sebuah meteor dari langit jatuh ke medan perang tersebut, menyebabkan keduanya menghilang setelahnya. Samurai Deeper Kyou dimulai empat tahun setelah pertempuran itu, ketika seorang pemburu hadiah bersenjatakan senjata bernama Yuya Shiina memburu Kyoushirou—sekarang seorang dukun mesum yang bepergian dan memiliki hutang yang besar. Dalam perjalanannya untuk mengklaim hadiahnya, mereka diserang oleh monster tidak manusiawi yang berusaha melahap Kyoushirou. Pertemuan ini membangunkan "Mata Iblis" Kyou, yang pikirannya telah terperangkap di dalam tubuh Kyoushirou sejak pertarungan yang menentukan itu. Maka dimulailah kisah besar dua pendekar pedang legendaris dan penemuan rahasia mereka.