Sinopsis

Setelah upaya NERV yang gagal untuk mengambil Tombak Longinus dan melaksanakan Proyek Instrumentasi Manusia, kehancuran yang disebabkan oleh Dampak Keempat sebagian besar telah dihindari. Dalam keadaan kacau, Shinji Ikari, Asuka Langley Shikinami, dan Rei Ayanami pergi ke Desa 3—pemukiman para penyintas yang terbebas dari kehancuran Bumi. Di sana, Shinji perlahan berdamai dengan masa lalunya, mengembangkan kehidupan yang sama sekali berbeda dari masa-masanya sebagai pilot Evangelion. Sementara itu, NERV melakukan persiapan untuk melanjutkan Proyek Instrumentasi melalui Dampak baru. Ketika kapal perang udara utama WILLE tiba di desa, Shinji memutuskan untuk naik, percaya bahwa ia dapat membantu dengan mengemudikan Evangelion. Saat rahasia baru terungkap dan pertempuran antara WILLE dan NERV semakin dekat, masa depan Bumi berada di ujung tanduk. Dapatkah Shinji menyelamatkan umat manusia dan seluruh dunia untuk terakhir kalinya?