Sinopsis

Setelah nyaris lolos dari tabrakan dengan Gauna raksasa yang menelan banyak korban jiwa, Kobayashi—kapten pesawat ruang angkasa Sidonia—terdorong untuk mengubah paradigma politiknya. Setelah merebut kekuasaan penuh, Kobayashi bertujuan untuk membasmi Gauna dari sistem Lem tempat mantan penduduk Sidonia baru-baru ini mendirikan koloni. Ambisinya dibenarkan oleh dua terobosan: pengembangan senjata anti-Gauna jarak jauh yang sangat efektif, dan penciptaan Tsumugi Shiraui—chimera manusia-Gauna pertama yang memiliki kekuatan penghancur yang besar. Menghadapi permusuhan terhadap chimera dan ekspedisi militer skala besar yang tidak pasti, Kobayashi meminta bantuan pilot elit baru, Nagate Tanikaze. Karena pengalaman pribadinya dengan Shizuka Hoshijiro dan plasenta Benisuzume, Tanikaze segera mengembangkan ikatan yang erat dengan Tsumugi. Saat pertempuran terakhir melawan lawan terkuat umat manusia semakin dekat, Tanikaze mencoba menikmati hari-hari terakhir kedamaian bersama temannya, Izana Shinatose—sementara Kobayashi secara diam-diam mengejar pengembangan senjata eksperimental yang bisa saja menyebabkan kehancuran total Sidonia.